Phần lớn nhất của đất nước nằm giữa hai con sông, Dniester và Prut. Biên giới phía tây Moldova được hình thành bởi sông Prut, nó nhập vào sông Danube trước khi đổ ra biển Đen. Moldova có đoạn tiếp cận sông Danube chỉ dài khoảng 480m, và Giurgiuleşti là cảng duy nhất của Moldova trên sông Danube. Ở phía đông, Dniester là con sông chính, chảy xuyên quốc gia từ bắc đến nam, nhận nước từ các con sông Răut, Bâc, Ichel, Botna. Ialpug chảy vào một trong các cửa sông của Danube, trong khi Cogâlnic đổ vào dãy cửa sông trên biển Đen.

Moldova là quốc gia nằm kín trong lục địa, thậm chí khi nước này ở rất gần biển Đen. Tuy hầu hết đất nước là đồi núi, độ cao không bao giờ vượt quá 430m — điểm cao nhất là Đồi Bălăneşti. Các ngọn đồi tại Moldova là một phần của Cao nguyên Moldavia, về mặt địa lý bắt nguồn từ dãy Núi Carpathian. Các phần phụ của nó tại Moldova gồm Đồi Dniester (Đồi Bắc Moldavia và Dãy Dniester-Rāut), Đồng bằng Moldavia (Thung lũng Trung Prut và Thảo nguyên Bălţi), và Cao nguyên Trung Moldavia (Đồi Ciuluc-Soloneţ, Đồi Corneşti (Codri Massive) - Codri, có nghĩa "rừng" -, Đồi Hạ Dniester, Thung lũng Hạ Prut, và Đồi Tigheci). Ở phía nam, nước này có một vùng đất phẳng nhỏ, Đồng bằng Bugeac. Lãnh thổ Moldova ở phía đông sông Dniester bị chia tách giữa các phần của Cao nguyên Podolia, và các phần của Thảo nguyên Âu Á.

Các thành phố lớn của nước này là thủ đô Chişinău, ở trung tâm đất nước, Tiraspol (ở vùng phía đông Transnistria), Bălţi (ở phía bắc) và Tighina (ở phía đông nam).